Los yacimientos arqueológicos y paleontológicos de Atapuerca están situados en un conjunto de colinas pertenecientes a las localidades de Atapuerca e Ibeas de Juarros, Burgos, en la sierra de Atapuerca. Está a unos quince kilómetros al Este de Burgos. Desde la prehistoria, su situación geográfica estratégica, un paso natural entre el valle del Ebro y la cuenca del Duero, hizo de la sierra de Autapuerca una zona natural de tránsito de humanos prehistóricos, seguramente los primeros emigrantes africanos que llegaron a Europa. También era lugar de paso de animales como tigres dientes de sable, jaguares, hipopótamos u osos. En este cerro de lomas suaves hallaban cobijo, vivían y también morían en el entramado de cuevas, grutas y galerías que el río Arlanzón comenzó a cincelar hace diez millones de años. En este lugar se han encontrado algunos de los restos de seres humanos más antiguos de la Península Ibérica y del resto de Europa. Es un referente en el mundo para el estudio de la prehistoria y de la evolución humana. Hasta el momento, de sus excavaciones se ha recuperado el 90% del registro fósil homínido del planeta, abarcando un periodo desde hace 1,4 millones de años hasta la Edad Media. La Unesco declaró a este sitio en el año 2000 como Patrimonio de la Humanidad. Están declarados como Espacio de Interés Natural, Bien de Interés Cultural y Patrimonio de la Humanidad.

El inicio de las exploraciones sistemáticas se produjo a partir de su descubrimiento a finales del siglo XIX, aunque ya en siglos previos se conocían algunas de sus cuevas. El motivo del descubrimiento fue la construcción de una línea de ferrocarril, en plena Revolución Industrial, que debía unir las minas de hierro y hulla de la región con los altos hornos de Bilbao que abastecían a la siderurgia vasca. Se seccionó de cuajo la sierra y se excavó una trinchera en forma de semicírculo de más de quince metros de altura en algunos puntos. Aquello dejó a la vista cuevas y paredes colmatadas de sedimentos fósiles, así como con herramientas de piedra del Pleistoceno, aunque en aquel entonces pasaron completamente desapercibidos. En el año 1964, el director del Museo de Burgos realizó una primera excavación en la que ya apareció fauna de medio millón de años de antigüedad, así como pinturas, grabados rupestres, enterramientos humanos, cerámicas y silos. Esta noticia atrajo a investigadores nacionales y extranjeros, que continuaron excavando y tomando muestras, pero de forma desorganizada y a veces incluso sin los permisos pertinentes. Esta situación cambiaría en el año 1976, cuando Trinidad Torres, una ingeniero de minas que preparaba su tesis doctoral sobre los osos del Cuaternario recuperó, rebuscando huesos de paquidermo entre los desperdicios abandonados allí por los anteriores visitantes, una mandíbula humana. Intuyendo su importancia, decidió llevársela al paleontólogo Emilio Aguirre, que, tras verla y visitar el lugar, puso en marcha un proyecto de investigación científica, así como una campaña de excavación sistemática. Este catedrático de Paleontología dirigió el proyecto entre los años 1978 y 1990, año en que se jubiló. Entonces pasó el testigo a tres jóvenes investigadores: el arqueólogo Eudald Carbonell y los paleontólogos Juan Luis Arsuaga y José María Bermúdez de Castro, que continúan codirigiendo el proyeco en la actualidad.

Es un lugar que tiene abundancia de recursos y fertilidad en la tierra. Ha sido siempre un paso principal hacia el interior de la Península Ibérica desde Europa. La ocupación humana ha estado presente de forma continuada desde hace más de 1.200.000 años. Se han descubierto fósiles de cinco especies distintas de homínidos, entre ellas Homo Anteccesor, Homo Heidelbergensis y Homo Sapiens. Las características de la zona, con una estructura caliza, ha permitido la conservación de los restos en numerosas cuevas bajo los bosques de Atapuerca, protegiéndolos de los cambios bruscos de temperatura y humedad.